◆ 1950-1959
1950年5月19日，成立“中国科学院近代物理所”（即高能所前身），吴有训兼任所长，钱三强任副所长，所址在北京东皇城根甲42号。
1953年10月6日，中国科学院院务会议决定将近代物理所更名为“中国科学院物理研究所”。
1958年7月1日，更名为原子能研究所，物理研究所（中关村）为一部，在京郊房山坨里建立新的研究基地为二部。
◆ 1970-1979
1972年8月18日，中国科学院原子能研究所原副所长张文裕等18位同志写信给周恩来总理，提出发展高能物理必须建造高能加速器，建议建立我国自己的粒子物理实验基地。
1972年9月11日，周恩来总理复信张文裕、朱光亚，对高能物理研究和高能加速器的预制研究工作作出指示：“这件事不能再延迟了。科学院必须把基础科学和理论研究抓起来，同时又要把理论研究与科学实验结合起来。高能物理研究和高能加速器的预制研究，应该成为科学院要抓的主要项目之一。”
1973年2月1日，根据周恩来总理批示同意的二机部、中国科学院《关于高能物理研究和高能加速器预制研究的报告》，在原子能研究所一部的基础上成立“中国科学院高能物理研究所”，所长张文裕。
1975年12月23日，周恩来总理和邓小平副总理批准国家计委的《关于加速器预制研究和建造问题的报告》，“七五三”工程启动。
1977年11月，华国锋主席、党中央批准《关于加快建设高能物理实验中心的请示报告》，“八七”工程启动。
1978年1月6日，方毅同志接见即将赴西德电子同步加速器研究所丁肇中实验小组学习的唐孝威等十位同志。
1978年9月1日，高能所恢复研究生招生，录取首批研究生。
1979年1月31日，邓小平同志访美期间中美双方签订了科学技术合作协议。为促进在高能物理领域内的合作，由方毅同志代表国家科委与美国能源部部长施莱辛格签订了《中华人民共和国国家科学技术委员会和美利坚合众国能源部在高能物理领域进行合作的执行协议》，这是中美科学技术合作协议的第一个执行协议。
◆ 1980-1989
1981年5月4日至7日，国家科委“八七”工程指挥部和中国科学院数理学部联合召开“高能物理玉泉路研究基地调整方案论证会”。
1981年9月22日至25日，中国科学院数理学部在北京召开“2.2GeV正负电子对撞机预制研究方案论证会”，讨论了高能所提出的注入器、储存环和探测器的预制研究项目，决定开展对撞机工程预制研究。
1982年1月21日，向中国科学院报送《玉泉路工程调整计划任务书》，计划建造一台2×22亿电子伏正负电子对撞机。
1982年3月23日，启动对撞机工程预制研究，下发《调整加速器和实验物理各研究室机构的通知》，决定设立电子直线加速器研究室、储存环研究室、质子直线加速器及应用研究室、自动控制及束流测量研究室、第一实验物理研究室、第二实验物理研究室，撤销加速器及实验物理原有各室。
1982年6月19日，派出由21名科技人员组成的考察组到美国斯坦福直线加速器中心进行设计考察，完成了对撞机工程初步设计，基本确定加速器的主要参数。
1982年12月17日，我国第一台自主设计制造的质子直线加速器首次引出能量为10MeV的质子束流，脉冲流强达到14mA。
1983年4月25日，国务院批准国家计委《关于审批2×22亿电子伏正负电子对撞机建设计划的请示报告》。工程包括两项建设内容，新建一台能量为2×22亿电子伏正负电子对撞机；将在建的10MeV质子直线加速器扩展到35MeV。
1983年12月，中央书记处第一○三次会议决定将北京正负电子对撞机工程列入国家重点工程建设项目，并成立对撞机工程领导小组。
1984年5月23日，高能所自主研制的高空气球载硬X射线望远镜HAPI-1在河北香河发放成功，飞行高度33km，飞行时间8小时，在我国首次实现平流层高度上对蟹状星云脉冲星33毫秒周期信号的X射线观测，观测能段20-200keV。这是3万立方米高空气球的成功应用。
1984年6月25日至7月4日，北京正负电子对撞机工程扩初设计审查会在京召开。会议通过了技术审查小组对工程的审查报告，并建议国家有关部门批准这项工程的扩初设计。
1984年10月7日，北京正负电子对撞机工程破土动工，邓小平等党和国家领导人亲自为工程奠基。
1985年1月11日，中国科学院批准高能所试行博士后研究制度。
1985年8月12日，35MeV质子直线加速器首次调试出束。
1985年9月22日，高能所首次成功发放10万立方米高空气球，用球载HAPI-2硬X射线望远镜实现了对黑洞候选体天鹅座X-1能量谱的成功观测，获得的通量值低于其常规态。
1986年5月6日，北京正负电子对撞机工程总体安装正式开始。谷羽、林宗棠、岳致中等同志及300多位代表出席安装开工典礼。
1986年8月，高能所通过卫星电话线路实现了北京高能所到瑞士日内瓦欧洲核子研究中心（CERN）的计算机远程登录，发出了中国的第一封电子邮件。
1988年8月，高能所通过卫星数据通讯线路建立了北京高能所到瑞士日内瓦欧洲核子研究中心（CERN）的计算机X.25连接，高能所的VAX785计算机成为中国第一台连入国际互联网的计算机，节点名为BEPC2.IHEP.CERN.CH。
1988年10月16日，北京正负电子对撞机实现正负电子对撞。
1988年10月24日，邓小平等党和国家领导人视察北京正负电子对撞机，慰问参加工程建设的代表。邓小平同志发表了“中国必须在世界高科技领域占有一席之地”的重要讲话。
1989年5月，北京35MeV质子直线加速器及其应用装置通过鉴定。
1989年9月，北京谱仪（BES）开始物理实验。
1989年10月6日，江泽民同志视察北京正负电子对撞机。
◆ 1990-1999
1990年1月，位于西藏羊八井的超高能γ天文观测空气簇射阵列建成，开始记录超高能宇宙线引发的簇射事例。
1990年7月21日，北京正负电子对撞机工程通过国家验收。后获得1990年度国家科技进步奖特等奖。
1991年8月，国家计划委员会正式批复成立北京正负电子对撞机国家实验室（计科技[1991]1241号）。
1991年，同步辐射装置从调试转入试运行，并首次向国内用户开放。
1991年，计算中心国际网络与美国斯坦福直线加速器中心（SLAC）及国家能源超级计算中心（NERSC）联接，提高数据通讯性能。
1991年9月10日，朱镕基同志视察北京正负电子对撞机。
1991年12月，北京35MeV质子直线加速器获国家科技进步奖一等奖。
1992年1月20日，北京谱仪圆满结束了τ轻子质量测量实验工作，共获取了积分亮度达5000nb-1的数据。
1993年1月7日，高能所“τ轻子质量的精确测定结果”入选1992年度全国十大科技成就。
1993年3月，高能所建成了与美国SLAC连接的64K数据通讯网络，与世界各高能物理实验中心相联，并为国内60余个研究单位和大学提供电子邮件和信息检索服务。
1993年5月，中科院批准《北京正负电子对撞机改进项目可行性研究报告》、《北京谱仪改进项目可行性研究报告》。
1993年5月26日，北京自由电子激光装置成功产生红外受激辐射，在亚洲地区近十台红外谱区自由电子激光装置中为首次。
1993年12月28日，“北京自由电子激光装置成功实现饱和振荡”入选1993年度全国十大科技成就。
1994年5月，高能所的计算机网络正式加入国际互联网，并建成我国第一个WWW网站。
1994年9月16日，胡锦涛同志视察北京正负电子对撞机。
1994年11月，完成了中日合作羊八井实验站的扩建，扩建后的广延大气簇射阵列覆盖面积超过6万平方米，成为国际四大高能γ天文和宇宙线研究阵列之一。
1996年1月16日，成立高能所宇宙线与高能天体物理开放实验室。
1996年4月12日，温家宝同志视察高能所。
1998年10月9日，撤销电子直线室、储存环室、自动控制室，组建加速器科学技术研究与开发中心。
1999年2月7日，“北京正负电子对撞机/北京谱仪/北京同步辐射装置改进”项目顺利通过鉴定。
1999年6月28日，国务院科教领导小组决定增加对北京正负电子对撞机运行改进与未来发展R&D的经费。
◆ 2000-2009
2000年2月29日，路甬祥、白春礼等院领导来所传达院党组“关于我国高能物理和加速器发展战略目标的决定”。
2000年5月22日至24日，中国高能物理发展战略研讨会在高能所召开。
2000年7月27日，国务院科教领导小组审议并通过《关于我国高能物理和先进加速器发展目标的汇报》，同意对北京正负电子对撞机进行重大改造。
2001年1月10日，高能所宇宙线高能天体物理开放实验室研制的神舟-X射线探测器随载人航天系列神舟二号飞船发射升空，实现了我国在该领域的突破。
2001年4月6日，中科院院长办公会议批准高能所进入知识创新工程二期试点。
2001年8月17日，撤销物理一室、物理二室、宇宙线室，将物理一室和物理二室的一部分组成实验物理中心，将物理二室的另一部分和宇宙线室组成非加速器物理研究中心。
2002年1月15日，“我国粲夸克偶素物理实验研究获重大进展”入选2001年中国基础研究十大新闻。
2002年6月14日，非加速器物理研究中心改称粒子天体物理研究中心。
2002年12月25日，国家计委办公会审议通过《北京正负电子对撞机重大改造工程项目建议书》。
2003年2月10日，国务院办公会议批准北京正负电子对撞机重大改造工程（BEPCII）项目建议书。
2003年3月12日，国家计委向中科院下达了《印发国家计委关于审批中国科学院北京正负电子对撞机重大改造工程（BEPCII）项目建议书的请示的通知》，正式批准了BEPCII项目，工程总投资估算为人民币6.4亿元，建设期5年。
2003年11月8日，北京正负电子对撞机改进与未来发展专项北京同步辐射装置改进项目通过验收。
2003年12月16日，中科院批准北京正负电子对撞机重大改造工程初步设计及概算。
2003年12月30日，中科院批复北京正负电子对撞机重大改造工程开工报告。至此，BEPCII完成全部立项过程。
2004年1月17日， BEPCII工程动员大会在高能所召开，工程正式进入全面实施阶段。中科院院长路甬祥到会，对BEPCII的建设和高能所的工作作了重要指示。
2004年10月15日，温家宝总理在中南海紫光阁接见李政道教授和参加第25次中美高能物理合作联合委员会会议的美方代表。
2004年11月19日，北京正负电子对撞机重大改造工程取得阶段性进展，电子直线加速器完成设备安装并调试出束。
2005年2月28日，北京正负电子对撞机国家实验室用户中心正式成立。
2005年7月4日，北京正负电子对撞机正式结束了17年的运行。BEPCII工程新的双环储存环开始建设。
2006年1月6日，北京谱仪国际合作组在高能所和美国夏威夷大学同时宣布观测到一个新粒子，暂时命名其为X(1835)。
2006年2月5日，同步辐射研究室、核分析室和自由电子激光室合并成立多学科研究中心。
2006年11月18日，BEPCII 储存环完成调试，成功积累了束流。
2006年12月25日，BEPCII正式开始为用户提供同步辐射光，按计划实现了年底为同步辐射用户供束的目标，圆满完成了第二阶段的任务。
2007年1月21日，由中国科学院院士、中国工程院院士投票评选的2006年世界十大科技进展新闻和中国十大科技进展新闻在北京揭晓。“北京正负电子对撞机重大改造工程获关键性突破”入选中国十大科技进展新闻。
2007年2月13日，中科院院长路甬祥、广东省省长黄华华在广州签署合作备忘录，双方将共同向国家申请在广东省东莞市建设中国散裂中子源。高能所所长陈和生与东莞市市长李毓全签署《中国科学院高能物理研究所与东莞市人民政府共建东莞散裂中子源国家实验室协议书》。高能所将在东莞市设立分部，作为中国散裂中子源项目暨广东东莞散裂中子源国家实验室的法人单位。
2007年2月15日， 2006年度“中国基础研究十大新闻”的评选结果揭晓，高能所“北京正负电子对撞机上发现一个新粒子——X(1835)”居首，高能所与中科院南京地质古生物所古生物专家合作获得的成果“找到前寒武纪两侧对称动物演化的有力证据”位列第二。
2007年4月26日，广东东莞中子科学中心在松山湖科技产业园区正式挂牌，作为高能所在广东分部设立前的过渡法人机构。
2007年9月6日，中国科学院大科学装置理论物理研究中心成立。
2007年10月13日，大亚湾反应堆中微子实验在深圳中广核大亚湾核电基地破土动工。
2007年11月28日，高能所研制的嫦娥一号卫星有效载荷X射线谱仪10月24日搭载“嫦娥一号”卫星发射升空后，在环月轨道对设备首次开机获得成功。
2007年12月23日，中科院基础局组织专家对BEPCII直线加速器的技术性能进行了现场测试。测试结果表明，BEPCII直线加速器的总体和各系统的性能全面达到设计要求，建成后的近两年来，运行稳定可靠，机器性能达到了同类装置的国际先进水平。
2008年3月24日，BEPCII同步辐射专用模式通过中科院基础局组织的工艺测试。
2008年7月19日，BEPCII加速器与北京谱仪联合调试对撞成功，观测到了正负电子对撞产生的物理事例，标志着建设任务圆满完成。
2008年11月4日，温家宝总理来所视察北京正负电子对撞机重大改造工程，并与科学家进行了座谈。国务委员刘延东陪同考察。
2009年5月13日凌晨，在1.89 GeV能量下BEPCII的对撞亮度达到3.01×1032cm-2s-1，达到亮度的验收指标。
2009年7月17日，BEPCII工程通过由国家发展和改革委员会组织的验收。国家发改委副主任张晓强、中科院常务副院长白春礼任验收组组长。
◆ 2010-现在
2010年1月13日，2009年“中国基础研究十大新闻”评选揭晓，“北京正负电子对撞机重大改造工程通过国家竣工验收”居首。
2010年1月25日，中国散裂中子源工程指挥部第一次会议在广东省召开。散裂中子源工程指挥部总指挥、高能所所长陈和生主持会议。
2010年3月，高能所参加的“绕月探测工程”任务荣获国家科学技术进步奖特等奖。
2011年3月，国防科工局和财政部正式批复硬X射线调制望远镜卫星工程立项。
2011年10月20日，中国散裂中子源在广东东莞举行工程奠基典礼，国务委员刘延东、广东省委书记汪洋、中科院院长白春礼等有关领导出席典礼并为工程奠基。
2012年2月14日，谢家麟院士荣获2011年度国家最高科学技术奖。
2012年3月8日，大亚湾中微子实验国际合作组宣布发现一种新的中微子振荡模式，并精确测量到其振荡几率。这是中微子研究领域里程碑式的成果，在国内外学术界引起了强烈反响。
2012年8月24日，国务委员刘延东视察大亚湾中微子实验站。
2012年12月20日，大亚湾中微子实验成果入选美国《科学》评选的年度十大科学突破。
2013年2月16日，中共中央政治局委员、国务委员刘延东来到高能所，看望春节期间坚守在北京正负电子对撞机值守岗位上的科研人员。
2013年2月19日，高能所正式成立东莞分部。
2013年3月26日，北京谱仪III（BESIII）实验国际合作组宣布发现新的共振结构Zc(3900)。Zc(3900)含有粲夸克和反粲夸克，且带有和电子相同或相反的电荷，提示其中至少含有四个夸克，可能是科学家们长期寻找的一种奇特强子。
2013年7月17日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平到高能所考察工作。在王贻芳所长的介绍下，他仔细察看对撞机加速器模型、储存环等，了解该所在粒子物理、先进加速器技术、先进射线技术领域的发展成就和建设世界级科研中心的计划。王沪宁、刘延东、栗战书陪同考察。
2013年8月22日，大亚湾中微子实验国际合作组首次公布了对中微子质量平方差的测量结果。
2013年9月12日，“射线成像探测器、电子学工程化开发平台”通过北京市科委政策法规与体制改革处及北京技术交易促进中心组织的验收。
2013年9月30日，美国物理学会在网站公布，由于“领导大亚湾中微子实验首次确定地测量出中微子混合矩阵的θ13”，授予王贻芳2014 年潘诺夫斯基实验粒子物理学奖。这是我国科学家首次获得该奖项。
2013年11月14日，核探测与核电子学国家重点实验室顺利通过国家科技部组织的建设验收。
2013年11月15日，中科院战略性先导科技专项“江门中微子实验”举行了专项启动会暨第一次工作会议，江门中微子实验正式立项。
2013年12月5日，CERN宣布SCOAP3计划（Sponsoring Consortium for Open Access Publishing in Particle Physics）将于2014年1月1日开始正式实施，《中国物理C》是该计划支持的唯一中国学术期刊。
2013年12月23日，嫦娥三号玉兔号月球车的科学载荷之一——粒子激发X射线谱仪在落月后首次加电成功，并完成了月表标定打靶测试。设备工作稳定，性能指标与地面测试结果一致。
2013年12月25日，粒子激发X射线谱仪完成了首次月面元素的就位分析。从探测能谱中识别出11种月球主量(Mg、Al、Si、K、Ca、Ti、Cr和Fe)和微量(Sr、Y和Zr)元素，能谱分辨(~135eV@5.9keV)达到国际先进水平。
2013年12月30日，美国物理学会主编的《物理》杂志日公布了2013年国际物理领域重要成果，“发现四夸克物质”位列11项成果之首。
2014年1月10日，美国化学会著名无机化学期刊Inorganic Chemistry在线发表高能所核能放射化学实验室在核废料处理方面的最新研究成果——采用新颖的四齿邻菲罗啉二酰胺配体高效选择萃取分离锕系元素，这是迄今为止文献报道的对锕系元素组分离最有效的萃取剂，有望应用于高放射性废液中锕系元素的组分离。
2014年1月11日，高能所研制的ADS注入器I RFQ功率源系统完成研制和测试，性能指标达到了设计要求，其中PSM电源为国内首次研制，性能指标达到国际同类电源的先进水平。
2014年1月12日，嫦娥三号粒子激发X射线谱仪（APXS）进行了第二月昼期的首次加电，完成一次在轨标定工作，获得了约半小时的定标谱。工作期间，APXS所有遥测和工程参数均正常，作为月球车上唯一的舱外科学载荷成功度过月夜。APXS设计的探测、定标、距离感知和月夜生存四项功能全部完成在轨验证。
2014年1月22日，中国科学院粒子物理前沿卓越创新中心成立，中国科学院副院长詹文龙为中心揭牌。该中心依托高能所建设，主要参与单位有中国科学院大学、中国科学技术大学、清华大学、北京大学、山东大学、南京大学、上海交通大学、北京航空航天大学、南开大学、中科院理论物理所等。
2014年2月11日，英国皇家化学会著名化学期刊Chemical Communications在线发表了高能所在锕系超分子构建方面的重要成果——首个锕系元素金属聚轮烷的合成与表征过程。这是国际上成功合成的首个锕系元素金属聚轮烷，该成果有望为核废料处理与处置提供一个新的思路和方法。
2014年2月20日，2013年度中国科学十大进展发布，“北京谱仪III观测到一种包含至少4个夸克的带电粒子”入选2013年度“中国科学十大进展”。
2014年3月15日，“国家环境保护汞污染防治工程技术中心”启动建设。该中心将根据环保部汞污染防治及国际履约需要，开展技术研究工作，为环保部汞污染防治工作提供技术支持，成为公益型污染治理技术的研究机构。
2014年8月15日，高海拔宇宙线观测站（LHAASO）签署中科院-四川省共建协议，标志着宇宙线科学研究历史上第二大单项地面实验的选址完成。
2014年9月1日，ADS先导专项325MHz/3.2MeV连续波（CW）强流质子RFQ加速器调束取得重要进展，在流强大于10 mA的情况下束流占空比达到70%、平均束流功率达到22kW以上，高频平均功率达到315 kW以上，束流传输效率达到95%以上，这是国内自主研制的首台高频率、高连续波功率、高束流占空比状态下运行的RFQ加速器。在这个频段上束流平均功率位于世界先进水平。
2014年9月22日，高能所大亚湾反应堆中微子实验研究集体荣获全国专业技术人才先进集体称号。中科院共有2个先进集体入选。
2014年10月15日，散裂中子源工程加速器首台设备——负氢离子源进入隧道安装，标志着该项目的建设即将进入设备安装阶段。
2014年11月19日，BEPCII在设计能量（1.89GeV）下，620mA双束对撞，对撞亮度再创新高，达到了8.04×1032cm-2s-1。
2014年12月16日，2014中国最具国际影响力学术期刊暨中国学术期刊国际、国内引证报告发布会发布了“2014中国最具国际影响力学术期刊”名单，由中国物理学会、高能所和近代物理研究所主办的Chinese Physics C入选。
2015年1月10日，江门中微子实验在广东省江门市开平市金鸡镇召开建设启动会，这是由我国主持的第二个大型中微子实验。
2015年2月12日，高能同步辐射光源验证装置（HEPS-TF）项目建议书获得国家发展改革委批复，成为第一个获得项建书批复的“十二五”国家重大科技基础设施。
2015年7月9日，国内首台具有完全自主知识产权的乳腺诊断正电子发射断层成像系统（简称乳腺PET）获得国家食品药品监督管理总局（CFDA）颁发的国家三类医疗器械注册证，获准进入市场销售及临床应用。
2015年7月14日，北京同步辐射装置成功实现恒流注入运行，束流流强控制在250mA±0.1mA，达到了国际先进水平，这是BSRF在提高性能方面的又一重要里程碑。
2015年11月3日至4日，第36次中美高能物理合作联合委员会会议在美国劳伦斯伯克利国家实验室召开。
2015年11月9日，2016年科学突破奖获奖名单在美国加州硅谷美国宇航局艾姆斯研究中心揭晓。中国科学院高能物理研究所王贻芳研究员、美国伯克利国家实验室陆锦标教授及大亚湾中微子实验团队获2016年基础物理学突破奖。这是中国科学家和以中国科学家为主的实验团队首次获得该奖项。
2015年12月31日，国家重大科技基础设施“高海拔宇宙线观测站”由国家发改委批准立项。
2016年1月4日，“科学家小行星命名仪式”在钓鱼台国宾馆举行。一颗国际编号为32928的小行星由国际天文学联合会正式命名为“谢家麟星”。
2016年2月26日，高能同步辐射光源验证装置可行性研究报告获得国家发展改革委批复。
2016年4月5日，北京正负电子对撞机对撞亮度达到1×10^33/cm^2/s，标志着对撞机的性能达到改造前的100倍。
2017年6月15日，硬X射线调制望远镜卫星“慧眼”在酒泉卫星发射中心发射升空，顺利进入预定轨道。
2017年8月28日，中国散裂中子源首次打靶成功获得中子束流。
2017年11月9日，中国散裂中子源打靶束流重复频率达到了25Hz的设计指标，打靶的平均质子束流功率超过10kW，提前达到了打靶束流功率的验收指标。
2017年12月15日，国家发展改革委批复了高能同步辐射光源（HEPS）国家重大科学基础设施项目建议书。
2018年1月30日，硬X射线调制望远镜卫星“慧眼”完成在轨测试任务，正式交付用户单位高能所使用。
2018年3月25日，中国散裂中子源通过了中科院组织的工艺鉴定和验收。这标志着CSNS工程按期、高质量地完成了全部工程建设任务。
2018年8月23日，中国散裂中子源顺利通过国家验收，投入正式运行。
2018年12月28日，国家发展改革委批复了高能同步辐射光源（HEPS）国家重大科学基础设施可行性研究报告。
2019年6月29日，高能同步辐射光源在怀柔科学城启动建设。
